OneNote は素晴らしいノート ツールですが、グラフィカルな表現が少し弱いと感じます。
MindMap や UML の編集・表示をサポートしてくれたら、情報の整理やディスカッションに、より有用になると思います。
手描きという手もありますが、編集や検索はできたほうが便利です。
PlantUML は広く使われており、UML だけでなく MindMap もサポートしています。
OneNote が既にサポートしている数式エディタのように、内部的にはプレーンテキストの PlantUML 形式で保存しておいて、表示時にグラフィカルに見せてくれればよいと思います。
また、PlantUML 形式でのコピー/ペーストができれば、他のツールとの連携性も申し分ありません。
よろしくご検討ください。